Один из основных каналов загрязнения озера Байкал — атмосфера. При этом крупные промышленные центры и населенные пункты Прибайкалья и Забайкалья рассредоточены крайне неравномерно вдоль береговой зоны, а антропогенные примеси в значительной степени формируются под влиянием выносов с этих территорий.
В последние годы одним из значимых источников загрязнения атмосферы озера стали эмиссии дымового аэрозоля и следовых газов от лесных пожаров, которые возникают ежегодно в бореальных лесах Сибири.