Школа-интернат была создана в 1963 году по инициативе основателя Академгородка академика Михаила Алексеевича Лаврентьева, чтобы обучать одаренных детей из разных регионов страны. СУНЦ НГУ с углубленным изучением естественно-научных предметов для учеников 9–11 классов входит в структуру Новосибирского государственного университета.